تدور مجريات اللعبة أثناء أحداث الثورة الأمريكية أي في أواخر القرن الثامن عشر والبطل الجديد للعبة كونور أمريكي الأصل وهو أحد أفراد قبائل الهنود الحمر وقد عانى البطل في طفولته العديد من المشاكل بسبب الاستعمار من قبل السكان البيض وفي نهاية الأمر لم يعد يطيق الأمر كونور لتدمير قريته بالكامل ومن هنا ينطلق كونور لطلب العدالة والحرية والقضاء على الاستبداد وفي نفس الوقت كانت الثورة الأمريكية فيتعاون معهم البطل وفي مجريات اللعبة قد ترى رؤساء الثورة الأمريكية كجورج واشنطون وبنجامين فرانكلين وبالطبع كان يتواجد ديزموند هذا الشخص الذي يحاول معرفة أسرار أجداده وهو كما عهدناه في الأجزاء السابقة تماما إلا الاختلاف أن القصة تدور عنه أكثر من الأجزاء السابق.