تدور أحداث الجزء الثاني من لعبة Crysis في أزقة مدينة نيويورك حيث أن غزوا المخلوقات الفضائية قد اجتاح المدينة , بطل القصة هو جديد في هذا الجزء , Alcatraz جندي في قوات الجيش الأمريكي و الذي قد كان بمهمة عسكرية على متن غواصة أمريكية في مهمة لإنزال بحري حين تتعرض غواصتهم لتدمير على يد المخلوقات الفضائية و لا يبقى من الناجين إلا القليل , في مسيرة هذا البطل سوف يلاقي وجوه قديمة من الجزء الأول من اللعبة و الذي يدعى بـ Prophet وهو الذي أنقذ البطل من الاعتداء على الغواصة ولكن سوف تتفا جئ بأنه سوف يقتل نفسه لسبب ما و يلبسك البذلة المسماة بـ Nano-suit و من هذه اللحظة ستبدأ مهمتك للبحث عن الأجوبة المخبأة و الغامضة .